Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad Instructivo para la conformación de la base de datos compatibles con el Sistema Nacional de Información sobre Biodiversidad (snib)



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Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad
Instructivo para la conformación de la base de datos compatibles con el Sistema Nacional de Información sobre Biodiversidad (SNIB) para modelar la distribución geográfica de las especies, 2011

Este instructivo tiene como propósito facilitar la integración de bases de datos para que sean compatibles con el Sistema Nacional de Información sobre Biodiversidad (SNIB). Deberá ser seguido y cumplido por quienes se encargan del manejo de la información computarizada de proyectos que han acordado proporcionar datos a la conabio, mediante la firma de un convenio o contrato.


  1. Estructura de la base de datos


La estructura de la base de datos está basada en el estándar Darwin Core. El formato del archivo de la base de datos se podrá elaborar en una tabla utilizando Excel, Access (versión 97 o superior) o archivos de texto delimitados por algún carácter (usualmente ‘,’).

En el sitio de discusión y desarrollo del estándar Darwin Core se pueden obtener los archivos muestra de los formatos mencionados:

-Archivo de texto delimitado por comas (CSV).

-Microsoft Access.

-Microsoft Excel.


  1. Contenido de la base de datos

Para describir la base de datos (grupo biológico, área geográfica), es necesario que el responsable del proyecto llene el Formato para el registro de bases de datos para modelos de distribución geográfica de las especies 2011, que se encuentra en el anexo de este instructivo. Es importante que el formato de registro sea enviado, junto con el proyecto desarrollado, para su revisión y aprobación.

  1. Estándar Darwin Core versión 1.4

A continuación se muestra el diccionario de datos del estándar Darwin Core con la descripción de los campos y atributos que deberán incluirse sin excepción en la base de datos.
Tabla. Diccionario de datos Darwin Core versión 1.4

Record-level Terms


Elemento

Descripción

institutionCode

Código o acrónimo oficial que identifica la institución que resguarda el espécimen o que avala la información referida del ejemplar observado. Ejemplos: IBUNAM, MVZ.

collectionCode

Código o acrónimo oficial que identifica la colección que resguarda el espécimen o al conjunto de datos del ejemplar observado. Ejemplos: MEXU, CNM, aVerAves.

datasetName

El nombre que identifica el conjunto de datos del que procede el registro.

basisOfRecord

Naturaleza del registro. Se recomienda el uso de un vocabulario controlado. Ejemplos: PreservedSpecimen, FossilSpecimen, LivingSpecimen, HumanObservation, MachineObservation.

Ocurrence

occurrenceID

Identificador único del espécimen o registro observado. En ausencia de este identificador único, construya uno en la forma: URN:catalog:[InstitutionCode]:[CollectionCode]:[CatalogNumber].

Ejemplo FMNH:Mammal:145732



catalogNumber

Identificador (preferentemente único) del espécimen en la colección o del ejemplar observado incluido en la base de datos.

recordedBy

El(los) nombre(s) de(de las) persona(s) que realizaron la recolección u observación del espécimen. Ejemplo Pedro Tenorio L.

occurrenceStatus

Declaración sobre la presencia o ausencia de un taxón en la ubicación. Se debe utilizar el catálogo de vocablos controlados propuesto por el estándar.

individualCount

En caso de tener datos de abundancias:

El número de individuos representados.



Location

country

Nombre del país donde el espécimen fue recolectado u observado. Se recomienda el uso de un vocabulario controlado como el estándar Getty Geographical Thesaurus

stateProvince

Nombre de la división administrativa menor al estado provincia o división administrativa equivalente en el cual el espécimen fue observado o recolectado.

municipality

El nombre de la división administrativa menor al estado o provincia, (municipio, condado, etcétera) en el cual el organismo fue observado o recolectado.

locality

Descripción detallada de la ubicación del lugar de recolecta u observación del espécimen.

decimalLatitude

La latitud geográfica (en grados decimales utilizando el valor espacial de referencia dado por el geodeticDatum) donde se observó o recolectó el espécimen. Los valores positivos corresponden al Norte del Ecuador y los valores negativos corresponden al Sur del Ecuador. Los valores válidos están entre el intervalo de -90 a 90 inclusive.

decimalLongitude

La latitud geográfica (en grados decimales utilizando el valor espacial de referencia dado por el geodeticDatum). Los valores positivos corresponden al Este del Meridiano de Greenwich y los valores negativos corresponden al Oeste del Meridiano de Greenwich. Los valores válidos están entre el intervalo de -90 a 90 inclusive.

geodeticDatum

La elipsoide, el datum geodésico o el sistema espacial de referencia (SRS) en el cual la latitud y longitud está referida. Si no se conoce, utilice “unknown”. Se recomienda el uso de un vocabulario controlado. Ejemplo: WGS84, NAD27, Clarcke, 1866.

Identification

identifiedBy

El(los) nombre(s) de las personas que asignaron el nombre al espécimen.

dateIdentified

Fecha en la cual el espécimen fue identificado. Se recomienda el uso del estándar ISO 8601:2004(E).

typeStatus

Tipo nomenclatural asignado al espécimen. Ejemplo: Holotipo, Isolectotipo, Paratipo, etc..

Taxon

scientificName

Nombre científico asignado al espécimen. Puede capturarse el nombre de taxón al que fue identificado. Ejemplo: Mallos gregalis.

acceptedNameUsage

Nombre científico, valido (Zool.) o correcto (Bot.) del taxón.

Nota. Aunque el estándar indica que debe incluir la autoridad y el año. Para el caso de esta convocatoria estos datos no deberán incluirse.



family

Nombre de la familia.

genus

Nombre del género.

specificEpithet

Nombre del epíteto específico.

infraspecificEpithet

Nombre del epíteto infraespécifico.

taxonRank

Categoría taxonómica específica del nombre científico. Se recomienda el uso de un vocabulario controlado Ejemplos: Ejemplos: género, especie, subsp., var., forma.

scientificNameAuthorship

Autor del nombre científico y año de publicación. Puede escribirse más de un autor. Puede incluir paréntesis de acuerdo con las convenciones aplicables del código de nomenclatura biológica correspondiente.

taxonomicStatus

Estatus del taxón. Ejemplo: correcto (Bot.), válido (Zool.), sinónimo.

Agradecemos que cualquier duda o comentario relacionado con este formato de registro o con algún procedimiento a seguir, sea enviado a la Subdirección de Inventarios Bióticos (SIB).

Formato para el registro de bases de datos para modelos de distribución geográfica de las especies 2011


Clave de referencia del proyecto







Nombre del proyecto




Nombre del responsable




Institución




Dependencia




Colección o laboratorio




La información que se solicita a continuación será tomada en cuenta para la evaluación del proyecto. Si este es aprobado, dicha información formará parte de los términos de referencia, anexo 3 del convenio o contrato firmado, con el que se formalizará el apoyo al proyecto.

  1. Señale el(los) grupo(s) al(a los) que pertenece(n) los organismos que incluirá (Margulis & Schwartz, 1998):

Reino Bacteria

Subreino Archaea




B-7 Chloroflexa

[ ]

División Mendosicutes




B-8 Chlorobia

[ ]

B-1 Euryarchaeota

[ ]

Division Tenericutes




B-2 Crenarchaeota

[ ]

B-9 Aphragmabacteria

[ ]

Subreino Eubacteria




B-10 Endospora

[ ]

División Gracilicutes




B-11 Pirellulae

[ ]

B-3 Proteobacteria

[ ]

B-12 Actinobacteria

[ ]

B-4 Spirochaetae

[ ]

B-13 Deinococci

[ ]

B-5 Cyanobacteria

[ ]

B-14 Thermotogae

[ ]

B-6 Saprospirae

[ ]







Reino Protoctista

Pr-1 Archaeprotista

[ ]

Pr-11 Cryptomonada

[ ]

Pr-21 Hyphochytriomycota Hyphochytriomycota

[ ]

Pr-2 Microspora

[ ]

Pr-12 Discomitochondria

[ ]

Pr-22 Haplospora

[ ]

Pr-3 Rhizopoda

[ ]

Pr-13 Chrysomonada

[ ]

Pr-23 Paramyxa

[ ]

Pr-4 Granuloreticulosa

[ ]

Pr-14 Xantophyta

[ ]

Pr-24 Myxospora

[ ]

Pr-5 Xenophyophora

[ ]

Pr-15 Eustigmatophyta

[ ]

Pr-25 Rhodophyta

[ ]

Pr-6 Myxomycota

[ ]

Pr-16 Diatomeas

[ ]

Pr-26 Gamophyta

[ ]

Pr-7 Dinomastigota

[ ]

Pr-17 Phaeophyta

[ ]

Pr-27 Actinopoda

[ ]

Pr-8 Ciliophora

[ ]

Pr-18 Labyrinthulata

[ ]

Pr-28 Chlorophyta

[ ]

Pr-9 Apicomplexa

[ ]

Pr-19 Plasmodiophora

[ ]

Pr-29 Chytridiomycota

[ ]

Pr-10 Haptomonada

[ ]

Pr-20 Oomycota

[ ]

Pr-30 Zoomastigota

[ ]


Reino Animalia

A-1 Placozoa

[ ]

A-15 Priapulida

[ ]

A-29 Bryozoa

[ ]

A-2 Porifera

[ ]

A-16 Gastrotricha

[ ]

A-30 Brachiopoda

[ ]

A-3 Cnidaria

[ ]

A-17 Loricifera

[ ]

A-31 Phoronida

[ ]

A-4 Ctenophora

[ ]

A-18 Entoprocta

[ ]

A-32 Chaetognatha

[ ]

A-5 Platyhelminthes

[ ]

A-19 Chelicerata

[ ]

A-33 Hemichordata

[ ]

A-6 Gnathostomulida

[ ]

A-20 Mandibulata

[ ]

A-34 Echinodermata

[ ]

A-7 Rhombozoa

[ ]

A-21Crustacea

[ ]

A-35 Urochordata

[ ]

A-8 Orthonectida

[ ]

A-22 Annelida

[ ]

A-36 Cephalochordata

[ ]

A-9 Nemertina

[ ]

A-23 Sipuncula

[ ]

A-37 Craniata

[ ]

A-10 Nematoda

[ ]

A-24 Echiura

[ ]







A-11 Nematomorpha

[ ]

A-25 Pogonophora

[ ]







A-12 Acanthocephala

[ ]

A-26 Mollusca

[ ]







A-13 Rotifera

[ ]

A-27 Tardigrada

[ ]







A-14 Kinorhyncha

[ ]

A-28 Onychophora

[ ]







Reino Fungi

F-1 Zygomycota

[ ]

F-2 Basidiomycota

[ ]

F-3 Ascomycota

[ ]


Reino Plantae

Pl-1 Bryophyta

[ ]

Pl-5 Psilophyta

[ ]

Pl-9 Ginkgophyta

[ ]

Pl-2 Hepatophyta

[ ]

Pl-6 Sphenophyta

[ ]

Pl-10 Conyferophyta

[ ]

Pl-3 Anthocerophyta

[ ]

Pl-7 Filicinophyta

[ ]

Pl-11 Gnetophyta

[ ]

Pl-4 Lycophyta

[ ]

Pl-8 Cycadophyta

[ ]

Pl-12 Anthophyta

[ ]



  1. Indique el nombre del(de los) taxón(es) que incluirá su estudio (clase, orden y familia):



Categoría taxonómica

Nombre del (los) taxón(es)

clase





orden





familia





género





especie








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